FUSA UIN Mataram dipimpin oleh Dekan, Prof. Dr. Suprapto, M.Ag., yang dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh tiga Wakil Dekan: Prof. Dr. Winengan, M.Si. (Wakil Dekan I, Bidang Akademik dan Kelembagaan), Dr. H. Agus, M.Si. (Wakil Dekan II, Bidang Administrasi Umum, Keuangan, dan Perencanaan), dan Dr. Nursyamsu, M.Ud. (Wakil Dekan III, Bidang Kemahasiswaan dan Kerja Sama).

Bidang administrasi umum di bawah Wakil Dekan II dijalankan oleh Kepala Bagian Tata Usaha, Drs. H. Sapoan, M.Pd., yang membawahi jalannya tiga program studi di lingkungan FUSA. Program Studi Sosiologi Agama dipimpin oleh Purnami Safitri, M.A. sebagai Ketua Prodi bersama Lutfatul Azizah, M.Hum. sebagai Sekretaris Prodi. Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir dipimpin oleh Dr. Muhammad Rizky H.K., M.A. sebagai Ketua Prodi bersama Mutma'innah, M.Th.I sebagai Sekretaris Prodi. Program Studi Pemikiran Politik Islam dipimpin oleh Muh. Alwi Parhanudin, M.Si. sebagai Ketua Prodi bersama Very Wahyudi, M.A. sebagai Sekretaris Prodi.

Ketiga program studi ini menaungi kelompok dosen di lingkungan FUSA, yang secara langsung menyelenggarakan proses pendidikan dan pembelajaran bagi seluruh mahasiswa FUSA UIN Mataram.